Chaque Etat-membre décide des modalités de mise en œuvre du réseau Natura 2000 et des moyens pour atteindre les objectifs de conservation des habitats et espèces Natura 2000.
La France privilégie une approche contractuelle pour la gestion des sites Natura 2000 pour assurer une large adhésion des acteurs et une réussite sur le long terme.
Cette démarche concertée et volontaire repose sur :
- un organe de concertation ou comité de pilotage (COPIL), présidé par un élu local,
- un document d’orientation et de gestion, appelé document d’objectifs (DOCOB),
- une structure porteuse chargée de la réalisation du document d’objectifs et du suivi de sa mise en œuvre.
Le préfet veille aux respects des enjeux de conservation des milieux naturels et les espèces concernés par Natura 2000.