Gestion forestière :
La forêt couvre plus de 75 % du site (soit environ 3 680 ha). Elle est majoritairement constituée de peuplements feuillus, secondairement de boisements mixtes (feuillus, résineux), et par endroits de plantations de résineux (essentiellement de pin noir).
La forêt privée est majoritaire (64 %), surtout sur le secteur Nord.
Les forêts communales couvrent 865 ha et sont localisées surtout sur le secteur central du site (Boucles de la Cure et Vau de Bouche). Elles sont gérées par l’Office National des Forêts (ONF).
Les forêts sont essentiellement exploitées pour produire du bois de chauffage. La production de bois d’œuvre est exceptionnelle compte tenu de la présence d’un sol calcaire superficiel. Les modes de gestion se répartissent entre le taillis-sous-futaie et la futaie irrégulière. Certaines forêts sont également entretenues en futaie régulière ou en monoculture.
Agriculture :
Le site Natura 2000 se situe en grande partie sur des parcelles non agricoles, excepté autour des 2 secteurs de mise-bas à chauves-souris (Arcy-sur-Cure et L'Isle-sur-Serein). Sur le site et ses alentours, les grandes parcelles en cultures de céréales et oléo-protéagineux sont majoritaires (54 % de la surface agricole du site). Les prairies permanentes représentent environ 35 % de cette même surface. Le reste est constitué de vignes et vergers (sur le secteur nord) et de petites parcelles en jachères.
Activités de loisirs, touristiques et sportives :
Le Sud de l'Yonne renferme de nombreux éléments de patrimoine historique et culturel qui contribuent à la richesse et à l’attrait touristique du territoire :
-Grottes préhistoriques du Paléolithique d'Arcy-sur-Cure
- Vestiges préhistoriques et gallo-romains (voie romaine, camp de Cora, tumulus du tertre),
- Monuments classés,
- Eléments architecturaux du patrimoine usuel (lavoirs, murgers, etc.),
- Eglises construites entre le XIIème et XVIIIème siècle, etc.
La randonnée pédestre est pratiquée sur de nombreux chemins balisés et présentés sur des fiches disponibles dans les bureau du Tourisme de l'Yonne ou sur le internet : https://www.randonnee-yonne.com.
Sur le site Natura 2000, 3 sentiers d'interprétation ont été conçus pour faire découvrir les riches du patrimoine local : Sentiers découvertes sur le site Natura
La pratique des sports motorisés concerne l’ensemble du département. La circulation de 4x4, quads et moto-cross dans les milieux naturels ne cessent de croître. Cette activité réglementée serait essentiellement pratiquée par des particuliers. L’occasion de rappeler que la circulation des véhicules terrestres à moteur (automobiles, motos, quads, engins spéciaux à moteur, etc.) dans les espaces naturels est interdite en dehors des voies ouvertes à la circulation publique. Une affiche de sensibilisation est disponible pour les propriétaires en site Natura 2000.
L'escalade est pratiquée principalement au niveau des rochers de la vallée de l'Yonne : Merry-sur-Yonne (rochers du Saussois et du renard) et Mailly-le-Château (rochers du Bois du Parc). L'encadrement et la sensibilisation des usagers de ces pratiques fait l'objet d'un suivi rigoureux associant les communes, la Fédération Fraçaise de Montagne et de l'Escalade et les structures de protection de la nature (Conservatoire d'espaces Naturels, Ligue de protection des oiseaux, Natura 2000).
La spéléologie est pratiquée dans les nombreuses cavités souterraines présentes sur le site (vallée de la Cure et de l'Yonne). L'encadrement et la sensibilisation des pratiquants sont indispensables pour ne pas nuire au cycle de vie des chauves-souris (le dérangement hivernal peut leur être fatal). Le Comité départemental de spéléologie de l'Yonne oeuvre en ce sens.
Chasse
La chasse est pratiquée sur l'ensemble du site. Il existe un nombre important d'assiciations de chasse sur le territoire. Les espèces principalement chassées sont : le sanglier, le chevreuil, le lièvre, le faisan et la perdrix. Les fédérations de chasse ont un rôle majeur à jouer sur les thématiques d'entretien et de gestion des paysages et des milieux naturels.