Le PETR du Pays Avallonnais est la structure animatrice du site Natura 2000 depuis le 1er mars 2023. Elle met en œuvre les actions du document d’objectifs (DOCOB) pour le compte du comité de pilotage (COPIL). La composition de ce dernier est fixée par arrêté préfectoral. Son président est Olivier BERTRAND, maire d'Arcy-sur-Cure.